Os jogadores poderão escolher entre jogar com X (o Mega Man), Zero ou Axel. Cada um tem uma habilidade diferente. X pode carregar seu canhão e armas especiais, além de poder correr no ar. Zero é um mestre da espada e seu ataque é muito forte. Ele pode saltar duas vezes. A especialidade de Axel é copiar o ataque inimigo. E também pode planar.
